博士前期課程は，産業基盤，社会基盤，数理情報，自然科学基盤の4教育基盤プログラムと，アジア防災学特別プログラム，地域エンジニア養成プログラムの２特別プログラムで構成されます。カリキュラムは、理工系人材の汎用基盤能力を養成する【専攻共通科目】，それぞれのプログラムの学修において共通に要求される知識・技能の基盤を養成する【プログラム共通科目】，高度な専門知識・技能を学修し専門能力を確立する【専門科目】の３科目群からなり、教育目的に掲げた人材の育成を目指します。
博士後期課程は１教育基盤プログラムとアジア防災学特別プログラムで構成され、カリキュラムは共通で、自立した技術者・研究者が要する高度な汎用基盤能力・トランスファラブルスキルを養成する【専攻共通科目】と，博士のリサーチワーク・学位論文の作成に必要な力を養成する【専門科目】に分類される科目群から編成されています。
前期・後期課程ともに、学位研究と学位論文作成の指導は，学生ごとに定められた指導教員（主・副）が中心となり行われます。

 愛媛大学大学院理工学研究科は、「知」の尊重とダイバーシティの実現を基本理念とする愛媛大学の一員として、先端研究の推進、イノベーションの創出を通じて、次世代の科学技術を担うリーダーを育成し、地域社会や国際社会に貢献することを目指す。特に、産学連携や 異分野融合を促進し、新たな価値創造に貢献することを重視する。
 博士前期課程においては「高度な専門知識と実践力を兼ね備えた理工系人材の育成」を目指した教育・研究を通じて、SDGs や Society5.0 の実現に資する新しい価値を創造できる人材を育成する。産業基盤・社会基盤・数理情報・自然科学を柱とする教育プログラムにより、高度な専門知識を修得させるとともに、柔軟な思考力、環境への適応力、多様な人々との協業力を養う学修環境を提供する。これにより、次世代の科学技術を支える理工系人材を輩出し続けることで、持続可能な未来に向けた基盤を築く。
 博士後期課程においては「独立した研究者としての能力を持ち、社会に貢献するリーダーの育成」を目指した教育・研究を通じ、最先端の自然科学や応用科学の研究を通して新しい価値を創造し、その実現に貢献できる高度理工系人材を育成する。独立して先駆的な研究を行う研究者に加えて、産官学連携を通じた技術移転や社会実装によって地域社会や国際社会の課題解決に貢献できる高度理工系人材を輩出し続けることで、持続可能な科学技術の未来の創造を先導する。